Capulhuac en la época prehispánica, se hallaba en el límite oriental de la provincia matlazinca colindando con los pueblos otomíes dispersos en la falda poniente de la serranía, hoy llamada de Las Cruces.

El nombre otomí de Capulhuac era Nthezee, lo que indica su antigüedad. Este pueblo, de origen matlazinca, como la mayoría de la región fue conquistado por Axayácatl, quedó sujeto a los aztecas hasta la llegada de los conquistadores.

En el Archivo General de la Nación se ha localizado un testimonio de una merced de sitio para ganado mayor, concedida por don Luis de Velasco al pueblo de San Bartolomé Capulhuac para su fundación y congregación el 25 de abril de 1557. Así es segura la ubicación de la cabecera municipal de Capulhuac que desde esa fecha estaba donde hoy se encuentra Capulhuac, que prosperó tanto como su vecino Santiago Tianguistenco; debe tomarse en cuenta que la relativa prosperidad de los habitantes de este municipio en la época colonial consistía en su dedicación al comercio.

Viajaban los comerciantes de Capulhuac con sus recuas hasta Guatemala, llevando principalmente rebozos y otras mercancías, regresaban trayendo pescado y frutas de la tierra caliente.

La iglesia de San Bartolomé Capulhuac, fundada en el siglo XVI por los agustinos de Ocuilan y Malinalco, estuvo a su cargo como visita hasta la segunda década del siglo XVII. El edificio parroquial expresa las diferentes épocas de su construcción: partes construidas en el siglo XVII; mientras que la cúpula, la torre del ábside corresponden a mediados del XVIII.

En 1736 Capulhuac seguía siendo Encomienda de los Cano Moctezuma, que descendían por el lado materno de doña Isabel Tecuipach Moctezuma esposa, entre otros, de Cuauhtémoc. Todavía el 20 de julio de 1736, se ordenó al alcalde mayor de provincia de Metepec, obligar a los tributarios de Capulhuac al pago a su encomendero don José Audelo Cano Moctezuma.

Don Miguel Hidalgo pasó por la cabecera procedente del pueblo vecino, Santiago Tianguistenco, rumbo al Monte de las Cruces.

Capulhuac figura como municipalidad desde el 29 de junio de 1827. La Legislatura del Estado de México elevó a esta población al rango de villa en mayo de 1880, designándolo Capulhuac de Mirafuentes.

Durante la Revolución de 1910, algunos grupos de vecinos se unieron a las fuerzas de Emiliano Zapata y otros a las fuerzas de Venustiano Carranza, sobresaliendo el general Encarnación Vega y Andrés Ruiz Meza.